[AndyD]

А буфер обмена в терминальной сессии доступен (на стороне Axapta)?

Может, через него попробовать работать?
Повесить обработчик по таймеру и проверять наличие в нем данных. Если это штрих-код (проверяем по формату и по базе данных), то очищаем буфер и выполняем необходимые действия. Если нет - ничего не делаем.
Ну и форма для терминала должна быть отдельная, что бы в нормальной лишние обработчики не мешали