Лучше всего (и, наверное, правильней) открыть запрос в поддержку
Что может быть и чем попробовать полечить:
1. Увеличить таймаут в реестре (OleDbTimeout, ExtendedTimeout). Если ключей в ветке нет, создать. Как - поищите в базе знаний.
2. Поискать причину в SQL - SQL Profiler-ом.
3. Перенести все в Parent Pipeline (процентов на 70 уверен, что это поможет).
Но, как уже говорил - лучше в саппорт.