Счет-фактура в российской функциональности и "красиво и понятно" как-то не очень сочетаются.
Смотреть нужно на класс FactureJourCreate_RU и его наследников. Там есть методы для создания специализированных фактур (на предоплату, курсовую разницу). Что-то по аналогии можно сделать.