Если вы так сделаете, то результаты вашей инвентаризации могут быть слишком неоднозначными... Что-то проинвентаризировали до вашей параллельной операции, что-то после, а остатки по складу собраны только в начале. Не говоря уже о том что может полететь отрицательный склад и тогда вы вообще не разнесёте инвентаризацию. Вообщем это совсем неправильно, на мой взгляд.
По воводу того, какая таблица и как заблокирована - повторю 3-ий раз, больше не буду

, - посмотрите в момент зависания в Management Studio. У меня Аксапты нет под рукой. Возожно,
InventItemLocation.