2 Ariman
Без детального анализа бизнес требований дать нужный рецепт практически невозможно.
Можно несколько юрлиц сделать в одной компании Аксапты (доработав первичку и отчёты), можно, наоборот, одно юрлицо "размазать" по нескольким компаниям Аксапты (например, те же филиалы).
Заранее сказать, что это будет лучше всего, просто нереально. За всё приходится платить, это выбор компромисса.
Вот здесь обсуждали немного похожую проблему:
Как сделать управленческий и финансовый учет?