инструменты те же самые:
http://axapta.mazzy.ru/lib/querytuning/
Не работает трассировка SQL
axperf: TraceParser Video Training Part I: Installation
axperf: TraceParser Video Training Part II: Configuration, Collection and Importing
трассировка кода, traceparser (это ключевые слова для поиска на форуме)
вы не указали - русская или международная версия ax2009
вы не указали как у вас работает intercompany - в одной и той же базе данных или в разных (связь при помощи business Connector)
сильно подозреваю, что проблема в axd-классах и/или в бизнес-коннекторе.