Хм, при смене настроек налога, даже если пересоздать строку заказа налоги не пересчитываются
А вот если создать новый заказ - то применяются новые настройки.
Действительно, если сразу сделать правильные настройки для НДС - то все ок. Но налоги - это международная функциональность и все другие методы расчета должны работать корректно.