Начнем с того, что при выключенном отрицательном складе в группе складских моделей возможность сторнирования приходного документа с номенклатурами, в которых указана такая группа, априори в системе не будет стопроцентной. Значит, модификация. А вот уже какая-это вопрос.
Чтоб на него попытаться ответить точно и полно, следует понимать, в результате каких ошибок возникла необходимость сторнирования:
1.если оприходовали не с теми аналитиками, то попытаться исправить журналом переноса
2.если оприходовали не то количество, то попытаться исправить дополнительными документами (ТОРГ-2 на излишки\недостачи)
3. если оприходовали не с теми "документарными" параметрами (цена, договор, контрагент), то попытаться исправить данные в надлежащих таблицах.
Но обычно останавливаются на варианте "клона":создают на основе оригинального (некорректного) приходного документа новый корректный, затем удаляют (сторнируют) оригинальный (некорректный). В любом случае Вы столкнетесь с трудностями в основном организационного характера
Удачи!