А еще можно задаться влпросом
Что даст новая система, чего нет сейчас?
Это же не 1С, которую нужно натянуть на обновление для бух отчетов.
Какой функционал критичен из АХ2009 в свете выхода АХ6?
переход ради грядущей совместимости перехода на АХ6, тк он "поддерживает" только пред две версии, а это Ах4 и Ах2009.
Данные будут переноситься как есть или сальдо?
Дело в том, что уверен на 99%, что в новую АХ6 можно прекрано переехать хоть с АХ2.5 с теми же трудозатратами, что и на пред версию. Достаточно будет лишь ХРО в ЮТФ кодировки перегнать и пару строк автозаменой поправить.
А об отказе загрузки ХРО пока не было анонсов.
Потому как колво проблем переноса будет условно постоянным, что с Ах3 на Ах2009, что сразу на Ах6, а не двойным.
То есть переход с АХ2009 на АХ6 сам по себе будет веселый из-за глобальных переделок (тех же аналитик и разносок). И выигрыша переноса Ах3-Ах2009-Ах6 нет абсолютно.
Но! Это если вам не нужно год-два активно использовать что-то, что есть только в Ах2009 (тут меленькими буковками..
и что нельзя засунуть обратно в Ах3 
)
По названым % переписок можно сказать, что производство придется перевнедрять с полным рефакторингом и анализом с дизайном.
Остальное может перенестись по принципу 15-20 мин на элемент АОТ + две недели на тесты и правки (с продумываением как теперь жить) удивительных открытий в Ах2009
Бездумный перенос кода занимает где-то от 1-2 человеконедели на сам перенос кода + 2-3 недели (уже 2-3 человек и не только разработчиков) на танцы с бубном по интеграционному сквозному тесту на типовых бизнес процессах
Это это время идет в зачет настройки компании для закачки данных, тк эта дема на выходе будет рабочей, если все потереть лишнее и данные залить.
Итого имеем 2 + 3х3 = 11 человеко недель или 2-2.5 чело-месяца или 320-440чч условно
Цена?
Ставка вендора + командировочные расходы
Но если рефакторить все, то нужно смотреть на доки и функционал, оценки иные.
Если что, обращайтесь в ЛС, переходили со времен Ах2.5 много на СПаки и новые версии.