Для уменьшения этой суммы можно попробовать поиграть параметрами закрытия склада - Максимальная пропускная способность и Минимальная коррекция пропускной способности (вот же ж дурной перевод названий).
Кстати, еще мелочь - в русской локализации сделаны специальные счета для списания таких округлений при закрытии склада, отличающиеся от "обычных" счетов прибылей-убытков по запасам. Возможно, это немного поможет в общении с бухгалтерией
