Ну, собственно, в подобных случаях везде в коде делают проверку на тот факт, что необходимый ключ включен. Вероятно, именно в данном месте это сделать забыли. Надо просто добавить эту проверку примерно так
X++:
Boolean isEnabledKey = global::isConfigurationkeyEnabled(configurationkeynum(InventClosingSecCur_RU));
while select ...
...
&& (! isEnabledKey || settlement.InventTransCurrency_RU == InventTransCurrency_RU::PrimaryCur)
...
Хотя обычно подобная проверка выполняется при конструировании Query и это является признаком того, надо ли создавать дополнительный Range или нет. Для прямого select не вполне понятно как это сработает.
PS: Если поле таблицы есть в AOT, но физически его не существует, то это явное указание на то, что отключен соответствующий ключ.