[lev]

Правильно ли я понял, что необходимо одним запросом получить суммы по накладным (в разрезе накладных) и суммы строк по ним (наверное что бы сравнить)

если да, то я бы сделал так:

while select vendInvoiceJour
    group by InvoiceId, InvoiceDate, InvoiceAccount, InvoiceAmount // добавил дату и поставщика, т.к. у разных поставщиков может быть один номер накладной, в итоге сгруппируется не правильно
    join sum(LineAmount) from vendInvoiceTrans
    where vendInvoiceTrans.InvoiceId == vendInvoiceJour.InvoiceId

Мне кажется тут не нужен sum по шапкам накладных, а достаточно просто сгруппировать по суммам, т.к. мы все равно группируем в разрезе каждой накладной.