http://mmcrm.ru/?p=1230 Вот здесь много и на русском написано как их фильтровать.
Обратите внимание на это.
Все ниже перечисленные способы требуют одной нвстройки – разрешения передавать дополнительные параметры в строке запроса в CRM. Чтобы ее включить откройте ветку реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MSCRM и создайте в ней DWORD ключ DisableParameterFilter со значением 1.
Я обычно фильтрую лукапы плагином. Здесь этот способ тоже описан.
И вот еще ветка где это обсуждалось.
ещё раз о фильтре Lookup и lookupbrowse filter