Конфигурационное дерево строится по иерархии ConfigurationKey. У каждого ключа есть ссылка на родительский. Таким образом, зная целевой ключ, можно поднявшись по иерархии в AOT, понять в каком узле дерева он лежит
А по поводу таинства операции синхронизации... Она нужна для того чтобы привести БД в соответствие со словарём данных AOT.