Во времена COM Business Connector у него был метод Shutdown(), который как раз обрывал окончательно соединение с Аксаптой. У .NET BC такого метода нет, но можно попробовать принудительно выгружать сборку после использования, для чего создавать под нее отдельный AppDomain. Примеры можно найти, скажем, здесь:
http://stackoverflow.com/questions/1...nal-assemblies