Мне кажется, стоит внести некоторую ясность в используемую терминологию. Добавление .NET-сборки в References - это указание клиенту и серверу, что используемые в коде X++ .NET-типы надо искать в том числе в сборке с таким именем ("строгим" именем, если сборка имеет цифровую подпись), при этом никакого "подключения" физически не происходит: в АОТ всего лишь добавляется немного метаданных сборки для её последующего поиска. Далее, обращение к сборке может идти, во-первых, во время компиляции кода, во-вторых, во время выполнения кода, причём очевидно, что второго без первого быть не может. Наконец, надо учесть, что в 2009-й компиляция выполняется на клиенте.
Таким образом, чтобы работать со сборкой на сервере, она должна быть доступна на всех хостах АОСов, где предполагается выполнять код, использующий типы из сборки. Но сначала сборка должна быть доступна на клиенте, где будет скомпилирован этот код. Как вариант, компиляцию можно запустить не "у себя", а на хосте АОСа, где лежит сборка, при этом она должна быть либо в GAC, либо и в bin АОСа (для загрузки во время выполнения), и в bin клиента (для загрузки во время компиляции). И все получится
