Мне кажется по части функциональности CRM (именно CRM - возможности, отчеты, базы данных по клиентам, конкурентам, интересы, проблемы, удобство интерфейса, работа offline и т.п.) Microsoft CRM лучше, про Аксапту ничего не знаю.
Это уже обсуждалось и на других форумах.
Axforum
Но Microsoft CRM "оторван от реальности"- оторван от ERP, слабо реализована финансовая часть (одна валюта, не хранятся курсы и т.п.), поэтому наверное лучше докрутить Navision, чем писать интеграцию и дописывать Microsoft CRM.
Все зависит от специфики бизнеса клиента и от того, что он понимает под CRM.