Для работы Нава с SQL базой нужен только правильно установленный и настроенный SQL сервер и клиент Navision. Database server нужен для других работы с нативной базой, Application Server - для выполнения периодических задач, запуска Commerce Gateway, Employee Portal и т.д. Для поиска документации, пробежитесь по ссылке в
этой ветке. Может Вам поможет
эта инструкция, хоть она и не для 5 версии, но общий смысл верен.