Найдите в HELP вашего NDT раздел System Requirements.
Там написано всё!
Для версии до 1.04 включительно работа NDT с базой, созданной под определенным клиентом (для 1.04 - 3.70), возможна локально (монопольно) или с Navision Server (SQL Server не поддерживается).
В версии NDT 2.0 (есть и такая

) написано следующее:
"Navision Developer’s Toolkit runs on local databases or on server databases, including those on SQL servers, based on Navision 4.00 (or higher).
To create, expand or restore a Navision Developer’s Toolkit database you need a Navision 4.00 client."
Т.е. рекомендация такая - добывайте клиента Navision 4.0 и NDT 2.0, ставьте базу под SQL и будет вам счастье.