Я таки подумал
и таки пришел к следующим выводам:
1) Скидка по заказу вцелом не может уменьшать себестоимость приходуемых материально-производственных запасов, потому что она дается на заказ вцелом.
2) При постировании заказа на закупку со строками, содержащими скидки, система делает следующие проводки:
Д сч. Purchase Account на сумму товара без учета скидки
К сч. Payables account на сумму кредиторской задолженности
К сч. Purchase Line Discount Account на сумму скидки
При этом средняя цена товара сформируется с учетом скидки.
Стало быть никто не мешает поставить для Purchase Line Discount Account поставить счет учета МПЗ.