Кстати какой у вас СП и версия Аксапты.
Раньше был такой в системе глюк:
если в накладной было очень много строк номеклатуры с разными налоговыми кодами .
эта накладная сопоставлялась с несколькими оплатами.
последняя оплата (последний остаток накладной ) была размером в несколько копеек, например копеек 10,
то после сопоставления и обработки НДС в книге могли появиться такие записи: Сумма с НДС 0.10, Сумма НДС 0.14, Сумма без НДС -0.04.
Что было по ГК уже честно говоря не припомню, но расхождение между модулем и ГК были.