Вместо субконто введите субсчета к 44 счету. Информацию по затратам добывайте через корреспонденцию. Именно для этого и были придуманы шахматки, журналы ордера и пр. активно отвергаемые штуки
Не дочитал
места хранения наверно лучше завести как аналитики.
тогда получится что-то вроде 44/1 - аренда, аналитика магазин1. А все отчеты потом сделаете