Не могу пояснить чем плохо

Это наверно больше дело вкуса..
У меня подход такой: если возможно обойтись без аналитики - надо обходиться синтетикой. Синтетика более понятна, проста но менее универсальна. Имеет такие плюсы как раздел баланса например. Идеально ложится на типовые отчеты а-ля журнал-ордер, движение средств. Проста в обработке при подготовке отчетности (какое там у нас сальдо кредитовое на дату? оборот за период? а в корреспонденции с счетом N? и т.п.).
Аналитика целесообразна только в том случае когда одно и тоже измерение привязано более к чем 2 синтетическим счетам причем некорреспондирующим друг с другом в явном виде или не привязана вообще (является характеристикой операции например)
Практики использования аналитики "Центр затрат" в аксапте у меня нет, посему сорри за отсутствие конкретики