ссылка была на закрытие склада? С точки зрения Скала корректная стоимость на 41 счете расчитывается в момент проводки. То есть проводку сделали, и вот уже оно ФИФО, ЛИФО, Средняя (причем нормальная средняя, а не полученная странным итерационным алгоритмом Акзапты) - расчитана. Процедуры же аналогичные пересчету используются только в случае, если необходимо исправлять данные (т.е. наколбашение проводок задним числом как стиль работы) - процедурка есть, но скорее ее использование является при нормальной работе склада редко возникающей необходимостью.
Аналогично устроены (если ошибаюсь, пусть меня поправят) и некоторые другие системы - например, Baan, да вроде и тот же 1С.
Так что приведенная ситуация в Скале не возникает, равно как и растущие из нее конфликты.