После установки MS CRM 3.0 сносим его, сносим установленный SQL 2000 Reporting Services, удаляем базы сервера отчетов и накатываем SQL 2005 с указанием ставить все. После успешной установки ставим MS CRM 3.0 с указанием работать с существующими базами, а в качестве сервера отчетов использовать <server>/ReportServer. Похоже что все работает, даже в отчетах что-то видно.
Из неудачных попыток: перенос данных между SQL 2000 и SQL 2005 не прошел (типа DTS, я на это особо и не рассчитывал).
Редеплоймент через бекап с SQL 2000 не прошел - SQL 2005 имеет другойт формат бекапа.
В общем проблема решена
