При redeploy'е все выполнялось по инструкции, бэкапились базы, восстанавливались как положено. Тут все корректно перенеслось
А вот со структурой Active Directory начались проблемы. Redeploy Tool их корректно экспортировал в xml, а вот импортировать отказался на новой.
Пришлось редактировать xml, потер ноды, на основе которых создавались некорректные группы (о чем писал выше), дальше все пошло нормально.
Кстати, в инструкции по upgrade 1.2 на 3.0 рекомендуется бэкапнуть crystal отчеты, а что с ними дальше делать? после upgrade я их не увидел