[AndyD]

Честно сказать в Oracle у меня ну удаляются "лишние" индексы. Единственное что заметил - идет запрос к view user_constraints c условием на Primary Key при синхронизации таблицы. Может ваш индекс PK и по-этому он удаляется из базы?

В MS SQL такое поведение наблюдал, но оно обходится довольно просто.
При синхронизации идет вызов системной процедуры sp_statistics, находящейся в схеме master. Все индексы, не входящие в AOT или не соответствующие ему - удаляются.
Обходится так - создал копию этой процедуры в б/д Axpta'ы и в выборку по sysindexes добавил условие -
and (x.name like 'I!_%' escape '!')
Теперь индексы, не начинающиеся с I_ (т.е. кроме создаваемых самой Axapta'ой) ей не "видны".

Правда возникает вопрос - кто помимо Axapta'ы использует эту sp и не аукнется ли?