А без перезапуска клиента это помогает? В смысле обновления, связанные с импортом/модификацией объектов репозитария, подхватываются (в трехзвенке) без перезапуска аксапты (клиентской части) у юзера у которого удалить файлы кеша? Если да, то сразу ли (а не через минуту-час-...)?
Удаление кеша + Обновление AOD - обычно спасает. Хотя и не всегда.