Синхронизация апликейшенов.

[NJD]

Ситуация такая - несколько территориально удаленных объектов. Туда развозили обновления проектами. Но со временем выяснилось, что немножечко апликейшены разные(где-то что-то недовезли, недостиавили и т.п). Встала задача их синхронизировать. Было взято приложение- эталон, и простым копированием оно перекрывало существующее. (Приложение отличается от стадартного, 2.5 сп3 самописным модулем). Где-то всё проходило отлично - синхронизация проходила без проблем. А на некоторых филиалах при синхронизации акспата хочет удалить таблицы usr слоя. Хотя в эталоне они есть. Если предварительно накатить только эти таблицы из эталона в приложение филиала, а потом уже каталог перекрывать, то всё равно таже ругань. Если сделать отмену синхронизации и накатить проблемные таблицы, то опять при синхронизации ругается, но уже к части первоначальных добавляются новые таблицы...
Из положения вышли, накатив только usr слой. Но всё равно, никто не подскажет, как можно гарантированно синхронизировать апликейшены?