Для того, чтобы в журналах "Заказы" списывать "свой товар" раньше консигнационного, можно расширьте функциональность класса SalesFormLetter_Invoice, добавив алгоритм расщепления Inventory проводки на несколько партий.
Разве это решается не допиливанием резервирования?..