Можно руками ничего и не делать. И вообще не менять статус.
Просто прогнать по таким новым строкам без проводок джоб, в котором сначала RemainSalesPhysical и RemainInventPhysical в 0 (doUpdate()), а потом исходное значение назад (update()). И всё должно встать на свои места.
Интересный вариант. Надо попробовать. У меня та же проблема, что и у автора топика - импорт строк прошёл нормально, а вот складских проводок нету(((((