Извечный вопрос: кодить или параметризовать.

[Тимур]

Думаю, что прежде всего необходимо классифицировать предполагаемые модификации исходя из предполагаемых путей реализации:
0) организационные меры (инструкции, приказы, СтП, ТПУ и пр.)
1) сокрытие лишних полей и осуществление прочего дизайна форм с настройкой под конкретное АРМ;
2) изменение прототипа система (пересмотр настроек);
3) написание новых журналов;
4) добавление/изменение логики обработки стандартных журналов системы:
а) незначительные модификации (например, новое поле);
б) значительные модификации (затрагивают функционал других частей системы).

Пункты следует применять последовательно и итерационно, начиная с (0), то есть по максимуму решить все пунктами (0), если не получается - то (1) и т.д.
Что лучше делать (3) или (4а) - вопрос сложный.
Осуществление пункта (4б) лучше делать после согласования со специалистами MBS , а в ряде случаев с другими партнерами/клиентами MBS, желательно под рукой иметь смету в трудовых/денежных измерителях на реализацию (включая документирование) и на дальнейшую поддержку и апгрейд.

P.S. Интересно, что у Вас попадает под пункт (4б) ?