Перенос конфигурации без данных

[lev]

не знаю можно ли такое на Ах 2.5, но рискну предложить.

шаг 1. устанавливаете аксапту с созданием базы (при установке Ax 3.0 можно так сделать). в итоге вы получаете стандартное приложение, с созданной под него чистой базой.
шаг 2. подкладываете в папку свое приложение. запускаете на нем аксапту (естественно в конфигурации указываете созданную при установке базу, и Ваше скопированное приложение). выполняете синхронизацию и глобальную компиляцию.

в итоге получите чистую базу с Вашим приложением.