Применение с указанием суммы

[Scorpie]

Если не штатно, можно попробовать:
Технически можно запоминать и оставшуюся сумму по оплате.
Потом перед применением заменять на ранее введёную "сумму, которую нужно применить". Потом отрабатывает стандартный механизм применения, уверенно считая что оплата закрылась в 0.
По выходу из применения мы проставляем скорректированую оставшуюся сумму по оплате и открываем операцию.
По идее всё. Копать в кодеюнитах 226 и 227.