Может это так своеобразно вот эту жестокую багу починили? [...] Для просмотра ссылки требуется регистрация на Партнерсорсе.
А можно KB ID? Я, правда, через customersource смотрю, но нашел только 932212 от 9-го марта. Там пишут, что функция Check/Synchronize в 4.0 и 4.0 SP1 создает некорректные данные в SQLDictionary, из-за чего синхронизация не проходит; про data loss там - ни слова...